El entrenador madrileño llegó al Betis en 2010 después de haber entrenado en varios clubes españoles, se fue al club de sus amores. El resto es historia
Pepe Mel llegaría al Real Betis en verano de 2010. Ese mismo año consiguió el ascenso a primera división después de 2 años en la división de plata, dejando al segundo, el Rayo Vallecano a 4 puntos por detrás. Hay que añadir que el equipo madrileño fue el anterior equipo de Pepe antes de llegar a Heliopolis.
En Copa del Rey llegaron hasta unos cuartos de final frente a un FC Barcelona demoledor. La ida terminó 5-0 en la ciudad condal. La vuelta, con el FC Barcelona con la clasificación a semifinales prácticamente finiquitada fue otra cosa. El Real Betis conseguiría ganar 3-1 dejando un buen partido frente a una afición que ovacionó a la plantilla tras el buen resultado.
Además, la estancia de Pepe Mel en la entidad de las trece barras se caracterizó por su plena confianza en la cantera. Hizo debutar a 16 jugadores del filial. Entre ellos encontramos a Beñat (Athletic Club), Adrián San Miguel (Liverpool FC) y Alvaro Vadillo (Granada FC).
Después del ascenso a primera división renovó por tres años más. En la temporada 2011-12 lograron la permanencia a falta de tres temporadas. Fue una temporada de altibajos, las primeras cuatro jornadas del titulo liguero fueron como balas de cañon, 12 puntos de 12 posibles. Pero inmediatamente perdieron 9 partidos de los 10 siguientes. La afición bética siempre apoyó al entrenador.
En la temporada siguiente, el Betis dio un salto de calidad. Pasaron de luchar por la permanencia a luchar por puestos europeos. Terminó la temporada obteniendo su objetivo inesperado, quedando séptimos lograron su acceso a la UEFA Europa League. Finalmente fue cesado en diciembre de 2013 tras haber conseguido a penas 10 puntos en 15 jornadas de Liga.
Esta primera etapa terminó con el Betis colista, bajando así a segunda división y eliminados en Europa en Octavos de final frente al Sevilla en tanda de penaltis tras haber eliminado al Rubin Kázan en Dieciseisavos y haber pasado como segundos de grupo junto al Olympique de Lyon.
El regreso de Pepe al banquillo verdiblanco no tardó mucho. El 20 de diciembre de 2014 el Real Betis emitía un comunicado para anunciar la vuelta de Mel a la entidad. Su segunda etapa se ponía en marcha en la 19ª jornada, cuando el cuadro sevillano ocupaba la tercera posición. Esta vez volvería a conseguir el ascenso a falta de dos jornadas también como primeros y a 4 puntos del segundo (Real Sporting).
Dos años después el Consejo de Administración del club decidió rescindir el contrato de Pepe, poniendo fin a su segunda etapa en el club de sus amores. En aquel momento, ocupaban la 15ª posición encadenado una racha de ocho partidos sin conocer la victoria.
Tras su salida del Real Betis se marchó al Deportivo de La Coruña. Su andadura por galicia no dudaria mucho. El mismo año el club optó por rescindir su contrato. Dejó al club en la 16ª posición tras 9 jornadas de Liga.