Desde su llegada a Vigo en 1998, hasta sus últimos suspiros en el club celeste allá por el 2008, Pinto tuvo cierta relevancia en el Celta
Verano de 1998. José Manuel Pinto llegaba a tierras gallegas procedente del Real Betis. El gaditano llegaba libre en busca de minutos. El cancerbero, con 23 años por aquel entonces, no llegó para ser titular, al menos en sus primeros años en Balaídos.
Su primera temporada en Vigo fue decepcionante, el andaluz estuvo a la sombra del arquero Richard Dutruel y jugó un solo partido. Pero, al menos durante las dos siguientes temporadas, eso cambiaría. En la campaña siguiente, Pinto jugó 28 partidos entre liga, copa y competición europea. Eso cambió en la temporada 2001/02 tras la llegada del portero argentino, Pablo Cavallero.
Pinto perdió protagonismo en el club celeste hasta la temporada 2004/05. El Celta descendió a la segunda categoría del fútbol español y se produjo la marcha de Pablo Cavallero. Esta vez fue el gaditano quién defendió la portería de Balaídos tras la confianza mostrada por Fernando Vázquez. Pinto jugó 40 partidos en 2ª división que ayudaron al Celta a volver a 1ª división de nuevo.
La campaña 2005/06 comenzaba con el equipo vigués ya en primera división. Los celestes cuajaron una temporada fantástica quedando en 6ª posición y clasificándose así para competición europea. Pinto mantuvo otra temporada más la confianza del míster y jugó 37 partidos de liga.
La siguiente temporada no fue buena para el Celta. Los vigueses se vieron sobrepasados al tener que jugar liga doméstica y competición europea. El club celeste quedó en 18ª posición volviendo así al pozo de la 2ª división. El guardameta gaditano no defraudó y jugó 34 de los 40 partidos de la liga.
La temporada 2007/08 arrancaba con el Celta en 2ª división. Los vigueses iban en declive y cuajaron una muy mala campaña estando a punto de caer a la 2ª divisió B. Pinto, que ya se había consagrado como arquero celeste, jugó 16 partidos bajo los palos de Balaídos durante la primera vuelta. Esos serían sus últimos encuentros como guardameta celeste ya que, en Enero de 2008, el gaditano se fue cedido al F.C Barcelona a cambio de 500.000€ y con una opción de compra a coste cero.
Se acababa así una la etapa del extrovertido guardameta en Vigo. José Manuel Pinto, quién estuvo 9 temporadas y media en tierras viguesas, jugó un total de 170 partidos con la elástica celeste. Además, el portero se consagró en el Celta portando el brazalete de capitán durante varias temporadas.
